Frassineta risale al X secolo ed è stata nominata per la diffusa presenza di frassini nella zona. Il villaggio si sviluppò attorno a una "Curtis", una struttura agricola diretta da un ricco signore. L'importanza di Frassineta aumentò nel tempo, e nel XIII secolo era circondata da mura che racchiudevano la chiesa, la torre, la piazza principale e la sede amministrativa. Artigiani e contadini vivevano nei borghi circostanti.

Situata lungo la Via Romea, un'importante rotta medievale che collegava l'Europa del Nord e Roma, Frassineta era un villaggio di passaggio per pellegrini e persino eserciti barbari durante le invasioni. Si crede che nelle vicinanze ci fosse un cimitero etrusco-romano, poiché grandi pietre rotonde trovate nella zona erano probabilmente utilizzate come segnacoli tombali.

Frassineta ha avuto una storia travagliata, sopportando invasioni e cambi di alleanze tra vari ordini monastici e famiglie governanti. All'inizio del XX secolo, il villaggio ha subito un degrado, ma gli sforzi dello stato italiano e della comunità montana hanno portato alla sua rivitalizzazione come parte del Parco Nazionale delle Foreste Casentinesi.